La CEEF a été créée dans un souci d’identification et de simplification des relations avec le monde séculier, pour faciliter l’implantation des églises dans le tissu sociologique du pays. Pour ce faire, un processus de communication s’est mis en place : les années 1994 à 1996 ont été consacrées à la réflexion interne concernant l’éventualité d’une demande d’adhésion à la Fédération Protestante de France et à la nécessité de créer une union d’églises. Cette communication s’est faite au niveau des responsables d’églises et des églises elles-mêmes. Cette démarche a abouti à un accord unanime. La CEEF a été créée en 1996 en vue de présenter sa candidature à la FPF.